空气水质差可能会导致凌晨两三点醒来，主要通过影响呼吸系统、引发胃肠道不适、造成心理压力、引起过敏反应、干扰内分泌系统等方面起作用。
1、影响呼吸系统：空气质量差时，空气中可能存在大量的灰尘、花粉、烟雾、有害气体等污染物。当人吸入这些污染物后，可能会刺激呼吸道，引发咳嗽、气喘、呼吸困难等症状。例如，在雾霾天气中，空气中的细颗粒物会进入呼吸道深部，导致呼吸道黏膜受损，气道阻力增加。这些不适症状会干扰睡眠，使人在凌晨两三点醒来。
2、引发胃肠道不适：水质差通常意味着水中可能含有细菌、病毒、重金属等有害物质。饮用这样的水后，可能会引起胃肠道感染、炎症等问题，出现腹痛、腹泻、恶心、呕吐等症状。胃肠道的不适会使人感到身体不舒服，从而影响睡眠质量，导致在凌晨醒来。比如，水中的大肠杆菌超标，容易引发急性肠胃炎。
3、造成心理压力：长期处于空气和水质差的环境中，人们可能会对自身健康产生担忧和焦虑情绪。这种心理压力会影响神经系统的正常功能，导致睡眠障碍。人们可能会在睡眠中频繁醒来，尤其是在凌晨两三点这个人体生理节律相对脆弱的时间段。
4、引起过敏反应：空气和水中的过敏原，如尘螨、霉菌、某些化学物质等，可能会引发过敏反应。过敏反应会导致皮肤瘙痒、皮疹、打喷嚏、流鼻涕等症状，这些不适会让人难以安睡，容易在夜间醒来。例如，对花粉过敏的人，在花粉浓度较高的环境中，可能会出现过敏症状，影响睡眠。
5、干扰内分泌系统：空气和水质中的有害物质可能会干扰人体的内分泌系统。内分泌系统的紊乱会影响激素的正常分泌和调节，进而影响睡眠节律。例如，某些环境污染物可能会影响褪黑素的分泌，褪黑素是一种调节睡眠 - 觉醒周期的重要激素，其分泌异常会导致睡眠质量下降，使人容易在凌晨醒来。
综上所述，空气水质差是有可能导致凌晨两三点醒来的。通过影响呼吸系统、引发胃肠道不适、造成心理压力、引起过敏反应以及干扰内分泌系统等多个方面，对睡眠质量产生负面影响。如果长期处于这样的环境中且出现睡眠问题，建议改善居住环境的空气和水质，必要时可到正规医院的相关科室就诊，以改善睡眠状况。