甲流和普通感冒后期咽喉疼痛程度受病毒特性、免疫反应、炎症范围、症状持续时间、并发症情况等因素影响。
1、病毒特性：甲流由甲型流感病毒引起，该病毒侵袭力较强，对呼吸道上皮细胞的破坏程度较大，容易引发较为剧烈的咽喉炎症，导致疼痛明显。普通感冒多由鼻病毒、冠状病毒等引起，这些病毒毒力相对较弱，对咽喉部的损伤相对较小，咽喉疼痛症状一般也较轻。
2、免疫反应：感染甲流后，免疫系统会被强烈激活，产生大量的炎性介质，如白细胞介素、肿瘤坏死因子等，这些炎性介质在对抗病毒的同时，也会刺激咽喉部的神经末梢，加重疼痛感觉。而普通感冒引发的免疫反应相对温和，炎性介质释放量较少，咽喉疼痛也就相对没那么强烈。
3、炎症范围：甲流感染后炎症不仅局限于咽喉部，还常累及气管、支气管等下呼吸道，咽喉部作为炎症的一部分，往往受到的波及范围更广、程度更深，疼痛也就更明显。普通感冒的炎症主要集中在鼻咽部，咽喉部炎症相对局限，疼痛程度也会轻一些。
4、症状持续时间：甲流引起的咽喉疼痛持续时间通常较长，可能会持续数天甚至一周以上，长时间的炎症刺激会使患者感觉疼痛更加难以忍受。普通感冒的咽喉疼痛一般持续时间较短，通常在3 - 5天内逐渐缓解，患者的痛苦相对较小。
5、并发症情况：甲流后期可能会出现一些并发症，如扁桃体炎、喉炎等，这些并发症会进一步加重咽喉疼痛。普通感冒后期出现严重并发症的概率相对较低，咽喉疼痛通常不会因为并发症而明显加剧。
对于甲流和普通感冒后期咽喉疼痛的治疗，都可以使用一些药物缓解症状。常用的药物有布洛芬、对乙酰氨基酚等解热镇痛药，能减轻疼痛和炎症；西瓜霜含片、草珊瑚含片等含片，可起到润喉止痛的作用；还可以使用复方硼砂含漱液、呋喃西林溶液等进行漱口，清洁口腔和咽喉，减少细菌滋生。但无论使用哪种药物，都应遵医嘱。
综上所述，一般情况下甲流后期咽喉疼痛可能比普通感冒更严重，但具体情况因人而异。如果咽喉疼痛症状严重或持续不缓解，建议及时到正规医院的呼吸内科或耳鼻咽喉科就诊。
